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Une histoire de mots inattendus et de génomes
Multi angle
Auteurs : Schbath, Sophie (Auteur de la Conférence)
CIRM (Editeur )
60J20 - Applications of Markov chains and discrete-time Markov processes on general state spaces
62P10 - Applications of statistics to biology and medical sciences
92C40 - Biochemistry, molecular biology
92C42 - Systems biology, networks
Ressources complémentaires :
http://gt-alea.math.cnrs.fr/alea2017/slides/ALEA2017_Schbath.pdf
CIRM (Editeur )
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Résumé :
Dans une première partie, je présenterai différentes problématiques liées à des statistiques d'occurrences de mots dans des génomes et décortiquerai plus en détail la question de savoir comment détecter si un mot a une fréquence d'apparition significativement anormale dans une séquence. Dans une deuxième partie, je présenterai différentes extensions pour tenir compte du fait qu'un motif d'ADN fonctionnel n'est pas toujours un « mot », mais qu'il peut avoir une structure plus complexe qui nécessite le développement de nouvelles méthodes statistiques.
Codes MSC : 60J20 - Applications of Markov chains and discrete-time Markov processes on general state spaces
62P10 - Applications of statistics to biology and medical sciences
92C40 - Biochemistry, molecular biology
92C42 - Systems biology, networks
Ressources complémentaires :
http://gt-alea.math.cnrs.fr/alea2017/slides/ALEA2017_Schbath.pdf
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Informations sur la Vidéo
Réalisateur : Hennenfent, GuillaumeLangue : Anglais Date de publication : 30/03/17 Date de captation : 22/03/17 Sous collection : Research School arXiv category : Quantitative Biology ; Statistics Theory Domaine : Probability & Statistics ; Mathematics in Science & Technology Format : MP4 (.mp4) - HD Durée : 01:01:40 Audience : Researchers ; Graduate Students Download : https://videos.cirm-math.fr/2017-03-22_Schbath.mp4 
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Informations sur la Rencontre
Nom de la rencontre : ALEA Days / Journées ALEAOrganisateurs de la rencontre : Gerin, Lucas ; Pierrot, Adeline ; Gittenberger, Bernhard Dates : 20/03/17 - 24/03/17 Année de la rencontre : 2017 URL Congrès : http://conferences.cirm-math.fr/1590.html
Données de citation
DOI : 10.24350/CIRM.V.19146403Citer cette vidéo: Schbath, Sophie (2017). Une histoire de mots inattendus et de génomes. CIRM. Audiovisual resource. doi:10.24350/CIRM.V.19146403 URI : http://dx.doi.org/10.24350/CIRM.V.19146403 |
Voir aussi
- [Multi angle] Random cubic planar graphs revisited / Auteur de la Conférence Rué, Juanjo.
- [Multi angle] Processus de Pólya à valeur mesure / Auteur de la Conférence Mailler, Cécile.
- [Multi angle] Le problème Graph Motif - Partie 2 / Auteur de la Conférence Fertin, Guillaume.
- [ Post-edited] Le problème Graph Motif - Partie 1 / Auteur de la Conférence Fertin, Guillaume.
Bibliographie
- Reinert, G., Schbath, S., & Waterman, M. (2005). Statistics on Words with Applications to Biological Sequences. In Applied Combinatorics on Words (pp. 251-328). Cambridge: Cambridge University Press - http://www-igm.univ-mlv.fr/~berstel/Lothaire/
- Reinert, G., Schbath, S., & Waterman, M. (2000). Probabilistic and statistical properties of words. Journal of Computational Biology, 7, 1-46 - http://genome.jouy.inra.fr/%7Eschbath/papiers/RSW00.ps
- Robin, S., Rodolphe, F., & Schbath, S. (2005). DNA, Words and Models. Statistics of exceptional words. Cambridge: Cambridge University Press - http://www.cambridge.org/uk/catalogue/catalogue.asp?isbn=052184729X
- Robin, S., Rodolphe, F. and Schbath, S. (2003). ADN, mots et modèles. Paris : Belin - https://www.belin-education.com/adn-mots-et-modeles#anchor1
- Schbath, S., & Robin, R. (2009). How pattern statistics can be useful for DNA motif discovery? In J. Glaz, I. Pozdnyakov, & S. Wallenstein (Eds.), Scan Statistics. Methods and Applications (pp. 319-350). Boston, MA: Birkhäuser - http://dx.doi.org/10.1007/978-0-8176-4749-0_15
