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Deciphering a species phylogeny from conflicting gene trees

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Multi angle
Auteurs : Steel, Michael Anthony (Auteur de la conférence)
CIRM (Editeur )

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Résumé : A phylogenetic tree that has been reconstructed from a given gene can describe a different evolutionary history from its underlying species tree. The reasons for this include: error in inferring the gene tree, incomplete lineage sorting, lateral gene transfer, and the absence of the gene in certain species. In this talk, I discuss probabilistic models and mathematical results that help address basic questions concerning the consistency and efficiency of different methods for inferring a species phylogeny from gene trees.

Mots-Clés : phylogeny; evolution; gene tree; mathematical hierarchies; biology

Codes MSC :
05C05 - Trees
92C37 - Cell biology
92D15 - Problems related to evolution
92C80 - Plant biology

Ressources complémentaires :
https://www.cirm-math.fr/ProgWeebly/Renc1774/Steel.pdf

    Informations sur la Vidéo

    Réalisateur : Hennenfent, Guillaume
    Langue : Anglais
    Date de Publication : 28/06/2018
    Date de Captation : 28/06/2018
    Sous Collection : Research talks
    Catégorie arXiv : Quantitative Biology
    Domaine(s) : Combinatoires ; Probabilités & Statistiques ; Mathématiques pour les Sciences & Technologies
    Format : MP4 (.mp4) - HD
    Durée : 00:52:02
    Audience : Chercheurs
    Download : https://videos.cirm-math.fr/2018-06-28_Steel.mp4

Informations sur la Rencontre

Nom de la Rencontre : Probability and biological evolution / Probabilités et évolution biologique
Organisateurs de la Rencontre : Pardoux, Etienne ; Wakolbinger, Anton
Dates : 25/06/2018 - 29/06/2018
Année de la rencontre : 2018
URL de la Rencontre : https://conferences.cirm-math.fr/1774.html

Données de citation

DOI : 10.24350/CIRM.V.19418603
Citer cette vidéo: Steel, Michael Anthony (2018). Deciphering a species phylogeny from conflicting gene trees. CIRM. Audiovisual resource. doi:10.24350/CIRM.V.19418603
URI : http://dx.doi.org/10.24350/CIRM.V.19418603

Voir Aussi

Bibliographie

  • Allman, E.S., Long, C., & Rhodes, J.A. (2018) Species tree inference from genomic sequences using the log-det distance. - https://arxiv.org/abs/1806.04974

  • Roch, S., Nute, M., & Warnow, T. (2018). Long-branch attraction in species tree estimation: inconsistency of partitioned likelihood and topology-based summary methods. - https://arxiv.org/abs/1803.02800

  • Mossel E., & Roch, S. (2015). Distance-based species tree estimation: information-theoretic trade-off between number of loci and sequence length under the coalescent. - https://arxiv.org/abs/1504.05289

  • Steel, M. (2016). Phylogeny. Discrete and random processes in evolution. Philadelphia, PA: Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM) - https://doi.org/10.1137/1.9781611974485



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